条文
（施行期日）
第一条 この法律は、平成十八年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一から三まで 略
四 次に掲げる規定 平成十八年十月一日
イ 略
ロ 第二条中法人税法第二条第十二号の七を同条第十二号の六の二とし、同号の次に四号を加える改正規定、同条第十二号の十五の次に二号を加える改正規定、同法第三十一条第五項及び第三十二条第七項の改正規定、同法第六十一条の二第六項の次に五項を加える改正規定（第七項及び第八項に係る部分に限る。）、同法第六十一条の十一第一項の改正規定（同項第五号中「商法第二百二十条ノ六第一項（端株主の端株買取請求権）に規定する端株」を「会社法第百八十九条第一項（単元未満株式についての権利の制限等）に規定する単元未満株式」に改める部分を除く。）、同法第六十一条の十二第一項の改正規定（同項第三号中「商法第二百二十条ノ六第一項（端株主の端株買取請求権）に規定する端株」を「会社法第百八十九条第一項（単元未満株式についての権利の制限等）に規定する単元未満株式」に改める部分を除く。）、同法第六十一条の十三第三項の改正規定、同法第六十二条の七第一項の改正規定、同法第二編第一章第一節第六款中同条の次に二条を加える改正規定（第六十二条の九に係る部分に限る。）、同法第六十三条の改正規定、同法第八十一条の九の改正規定、同法第八十一条の十第三項の改正規定並びに同法第百三十二条の二の改正規定（「利益の配当又は剰余金の分配の額」を「第二十三条第一項第一号（受取配当等の益金不算入）に掲げる金額」に改める部分を除く。）並びに附則第二十四条第一項及び第四項、第三十五条第三項、第三十六条第一項から第六項まで、第四十条、第四十一条、第四十七条第一項、第五十五条第二項並びに第百六十五条の規定
五 次に掲げる規定 平成十九年一月一日
イ 略
ロ 第二条中法人税法第六十六条の改正規定（同条第二項中「資本の金額若しくは出資金額」を「資本金の額若しくは出資金の額」に改める部分を除く。）、同法第八十一条の十二の改正規定（同条第二項中「資本の金額若しくは出資金額」を「資本金の額若しくは出資金の額」に改める部分を除く。）、同法第八十二条の四の改正規定、同法第九十九条の改正規定、同法第百二条第一項第三号の改正規定、同法第百四十三条の改正規定（同条第二項中「資本の金額若しくは出資金額」を「資本金の額若しくは出資金の額」に改める部分を除く。）及び同法第百四十五条の四の改正規定並びに附則第四十二条、第五十条、第五十三条、第五十四条、第五十六条及び第五十七条の規定
六 次に掲げる規定 会社法（平成十七年法律第八十六号）の施行の日
イ 略
ロ 第二条中法人税法第二条第十二号の六の改正規定、同条第十二号の八の改正規定（同号イ及びロに係る部分を除く。）、同条第十二号の九及び第十二号の十の改正規定、同条第十二号の十一の改正規定、同条第十二号の十四の改正規定、同条第十四号の改正規定、同条第十五号の改正規定、同法第十三条の改正規定、同法第十五条の改正規定、同法第二十二条第五項の改正規定（「資本等の金額」を「資本金等の額」に改める部分を除く。）、同法第二十三条の改正規定、同法第二十四条第一項の改正規定（同項中「資本等の金額又は連結個別資本等の金額」を「資本金等の額又は連結個別資本金等の額」に改める部分、同項第四号を削る部分、同項第五号を同項第四号とする部分、同項第六号に係る部分及び同号を同項第五号とする部分を除く。）、同条第二項及び第三項の改正規定、同法第三十七条の改正規定、同法第三十九条の改正規定、同法第四十二条の改正規定（同条第一項中「補助金その他」を「補助金又は給付金その他」に、「これに」を「これらに」に改める部分を除く。）、同法第四十三条の改正規定、同法第四十四条の改正規定、同法第四十五条の改正規定、同法第四十六条の改正規定、同法第四十七条の改正規定、同法第四十八条の改正規定、同法第四十九条の改正規定、同法第五十条の改正規定、同法第五十四条から第五十六条までの改正規定（第五十四条に係る部分に限る。）、同法第五十四条の前に目名を付する改正規定、同法第五十九条第一項第一号の改正規定、同条第二項第一号の改正規定、同法第六十一条第一項の改正規定、同法第六十一条の二第一項の改正規定、同条第二項の改正規定、同条第四項を削る改正規定、同条第三項の改正規定、同項を同条第四項とする改正規定、同条第二項の次に一項を加える改正規定、同条第七項の改正規定（同項を同条第十二項とする部分を除く。）、同条第六項の次に五項を加える改正規定（第九項から第十一項までに係る部分に限る。）、同法第六十一条の八の改正規定、同法第六十一条の十一第一項第五号の改正規定（同号を同項第六号とする部分を除く。）、同法第六十一条の十二第一項第三号の改正規定（同号を同項第四号とする部分を除く。）、同法第六十二条の改正規定（同条第一項後段中「次条第一項」を「次条」に改める部分を除く。）、同法第六十二条の二第一項の次に二項を加える改正規定（第三項に係る部分に限る。）、同法第六十二条の六の改正規定、同法第二編第一章第一節第六款中第六十二条の七の次に二条を加える改正規定（第六十二条の八に係る部分に限る。）、同法第六十八条第一項の改正規定、同法第六十九条第八項及び第十一項の改正規定（「の総数又は出資金額」を「又は出資」に改め、「出資を除く。）」の下に「の総数又は総額」を加える部分を除く。）、同法第八十条の改正規定、同法第八十一条の四の改正規定、同法第八十一条の六の改正規定、同法第八十一条の十五第八項及び第十一項の改正規定（「の総数又は出資金額」を「又は出資」に改め、「出資を除く。）」の下に「の総数又は総額」を加える部分を除く。）、同法第九十五条の改正規定、同法第百三十二条の二の改正規定（「利益の配当又は剰余金の分配の額」を「第二十三条第一項第一号（受取配当等の益金不算入）に掲げる金額」に改める部分に限る。）並びに同法第百三十八条第五号イの改正規定並びに附則第二十四条第二項、第二十六条第一項から第三項まで、第六項及び第七項、第二十八条第一項、第二十九条、第三十条、第三十三条、第三十五条第四項から第六項まで、第三十六条第七項、第三十八条第一項、第三十九条、第四十三条第一項、第四十四条、第四十五条、第四十六条第一項、第四十七条第二項、第五十一条第二項並びに第五十二条の規定
（法人税法の一部改正に伴う経過措置の原則）
第二十三条 この附則に別段の定めがあるものを除き、第二条の規定による改正後の法人税法（以下附則第五十七条までにおいて「新法人税法」という。）の規定は、法人（新法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下附則第五十七条までにおいて同じ。）の施行日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税及び法人の施行日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日前に開始した計算期間の所得に対する法人税及び法人の施行日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（株式交換完全子法人等に関する経過措置）
第二十四条 新法人税法第二条第十二号の六の三から第十二号の七までの規定は、平成十八年十月一日以後に行われる株式交換及び株式移転について適用する。
２ 新法人税法第二条第十二号の九、第十二号の十及び第十二号の十四の規定は、会社法施行日以後に行われる分割及び現物出資について適用し、会社法施行日前に行われた分割及び第二条の規定による改正前の法人税法（以下附則第五十八条までにおいて「旧法人税法」という。）第二条第十二号の十四に規定する現物出資については、なお従前の例による。
３ 施行日から平成十八年九月三十日までの間における新法人税法第二条第十二号の八から第十二号の十四までの規定の適用については、同条第十二号の八中「第十二号の十六」とあるのは、「第十二号の十四」とする。
４ 新法人税法第二条第十二号の十六及び第十二号の十七の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる株式交換及び株式移転について適用する。
（資本金等の額及び利益積立金額等に関する経過措置）
第二十五条 新法人税法第二条第十六号から第十八号の三までの規定は、施行日以後にこれらの規定に掲げる金額が増加し、又は減少する事由が生ずる場合について適用し、施行日前に旧法人税法第二条第十六号から第十八号の三までに掲げる金額が増加し、又は減少する事由が生じた場合には、なお従前の例による。
（受取配当等の益金不算入等に関する経過措置）
第二十六条 新法人税法第二十三条第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、法人が受ける会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同項に規定する配当等の額（会社法第四百五十四条第一項若しくは第五項の決議又は同法第四百五十九条第一項の規定による定款の定めがある場合における取締役会の決議による剰余金の配当で、その支払に係る基準日が会社法施行日前の日であるもの（以下この項及び第三項において「経過配当」という。）の額を含む。）について適用し、法人が受けた会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧法人税法第二十三条第一項（第一号に係る部分に限る。）に規定する配当等の額（経過配当の額を除く。）については、なお従前の例による。
２ 新法人税法第二十三条第三項の規定は、法人が受ける会社法施行日以後の日を同項に規定する基準日とする同項に規定する配当等の額について適用し、法人が受けたその計算の基礎となった期間の末日が会社法施行日前である旧法人税法第二十三条第三項に規定する配当等の額については、なお従前の例による。
３ 新法人税法第二十四条第一項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同号に規定する資本の払戻し（経過配当に該当する同号に規定する剰余金の配当を含む。）により金銭その他の資産の交付を受ける場合について適用し、法人が会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧法人税法第二十四条第一項第三号に規定する資本又は出資の減少により金銭その他の資産の交付を受けた場合については、なお従前の例による。
４ 法人が施行日前に行われた旧法人税法第二十四条第一項第四号に規定する株式の消却により金銭その他の資産の交付を受けた場合については、なお従前の例による。
５ 新法人税法第二十四条第一項（第五号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に同項に規定する法人の同号に掲げる事由により金銭その他の資産の交付を受ける場合について適用し、法人が施行日前に行われた旧法人税法第二十四条第一項第六号に規定する持分の払戻しにより金銭その他の資産の交付を受けた場合については、なお従前の例による。
６ 新法人税法第二十四条第一項（第六号に係る部分に限る。）の規定は、法人が会社法施行日以後に行われる同号に規定する組織変更により金銭その他の資産の交付を受ける場合について適用する。
７ 新法人税法第二十四条第二項の規定は、法人が会社法施行日以後に行う合併について適用し、法人が会社法施行日前に行った合併及び分割型分割については、なお従前の例による。
（役員給与の損金不算入に関する経過措置）
第二十七条 施行日から会社法施行日の前日までの間における新法人税法第三十四条の規定の適用については、同条第一項中「第五十四条第一項（新株予約権を対価とする費用の帰属事業年度の特例等）に規定する新株予約権によるもの並びにこれら」とあるのは「退職給与」と、同項第三号イ（２）中「会社法第四百四条第三項（委員会の権限等）の」とあるのは「株式会社の監査等に関する商法の特例に関する法律（昭和四十九年法律第二十二号）第二十一条の五第一項第三号（委員会及び執行役の設置等）に掲げる」とする。
（寄附金の損金不算入に関する経過措置）
第二十八条 法人が会社法施行日前に終了した事業年度において支出した旧法人税法第三十七条第一項に規定する寄附金の額で同項に規定する経理をしたものについては、なお従前の例による。
２ 法人が施行日から会社法施行日の前日までの間に終了する事業年度において旧法人税法第三十七条第三項に規定する寄附金の額を支出する場合における同項の規定の適用については、同項中「資本等の金額」とあるのは、「資本金等の額」とする。
（国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入等に関する経過措置）
第二十九条 新法人税法第四十二条第一項及び第二項、第四十三条第一項、第四十四条第一項、第四十五条第一項及び第二項、第四十六条第一項、第四十七条第一項及び第二項、第四十八条第一項並びに第四十九条第一項の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（新株予約権を対価とする費用の帰属事業年度の特例等に関する経過措置）
第三十条 新法人税法第五十四条の規定は、法人が会社法施行日以後にその発行に係る決議をする同条第一項に規定する新株予約権及び当該新株予約権に係る同項に規定する承継新株予約権並びに同条第五項に規定する新株予約権について適用する。
２ 法人が会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に新法人税法第五十四条第一項に規定する合併等を行う場合における同条の規定の適用については、同項中「株式交換完全親法人又は株式移転完全親法人」とあるのは「会社法第七百六十七条（株式交換契約の締結）に規定する株式交換完全親会社又は同法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社」と、「株式交換完全子法人又は株式移転完全子法人」とあるのは「会社法第七百六十八条第一項第一号に規定する株式交換完全子会社又は同法第七百七十三条第一項第五号に規定する株式移転完全子会社」とする。
（不正行為等に係る費用等の損金不算入に関する経過措置）
第三十一条 新法人税法第五十五条第一項及び第二項の規定は、法人が施行日以後に支出する同条第一項（第二項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）に規定する費用の額又は法人の施行日以後に生ずる同条第一項に規定する損失の額について適用する。
２ 新法人税法第五十五条第五項の規定は、法人が施行日以後に供与をする同項の金銭の額及び金銭以外の資産の価額並びに経済的な利益の額の合計額に相当する同項に規定する費用又は損失の額について適用する。
（特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用に関する経過措置）
第三十二条 新法人税法第五十七条の二の規定は、法人が施行日以後に同条第一項に規定する他の者との間に当該他の者による同項に規定する特定支配関係を有することとなる場合における同項に規定する適用事業年度前の各事業年度において生じた同項に規定する欠損金額について適用する。
（会社更生等による債務免除等があった場合の欠損金の損金算入に関する経過措置）
第三十三条 新法人税法第五十九条第一項及び第二項の規定は、法人が会社法施行日以後にこれらの規定に規定する債務の免除を受ける場合について適用し、法人が会社法施行日前に旧法人税法第五十九条第一項及び第二項に規定する債務の免除を受けた場合については、なお従前の例による。
（特定株主等によって支配された欠損等法人の資産の譲渡等損失額の損金不算入に関する経過措置）
第三十四条 新法人税法第六十一条の規定は、同条第一項に規定する欠損等法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用する。この場合において、当該欠損等法人の同項に規定する適用事業年度が施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了するときにおける同項の規定の適用については、同項中「第五十七条の二第一項に規定する適用事業年度又は第八十一条の九の二第一項に規定する適用連結事業年度（以下この項において「適用事業年度等」という。）開始の日」とあり、及び「当該適用事業年度等の開始の日」とあるのは、「平成十八年四月一日」とする。
２ 施行日から平成十八年九月三十日までの間に終了する事業年度における新法人税法第六十一条の規定の適用については、同条第一項中「若しくは第六十一条の十二第一項（連結納税への加入に伴う資産の時価評価損益）又は第六十二条の九第一項（非適格株式交換等に係る株式交換完全子法人等の有する資産の時価評価損益）」とあるのは「又は第六十一条の十二第一項（連結納税への加入に伴う資産の時価評価損益）」と、「若しくは第六十一条の十二第一項に規定する連結加入直前事業年度又は第六十二条の九第一項の規定の適用を受ける事業年度」とあるのは「又は第六十一条の十二第一項に規定する連結加入直前事業年度」とする。
（有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入に関する経過措置）
第三十五条 旧法人税法第六十一条の二第五項の規定は、施行日前に自己の株式（出資を含む。）の譲渡が行われた場合については、なお従前の例による。
２ 法人が施行日から会社法施行日の前日までの間に自己を被合併法人又は分割法人とする適格合併又は適格分割型分割を行う場合の新法人税法第六十一条の二第五項及び第六項の規定の適用については、同条第五項中「内国法人が」とあるのは「内国法人がその行つた適格合併に係る」と、同条第六項中「内国法人が自己を分割法人とする適格分割型分割により当該適格分割型分割に係る分割承継法人の株式を当該内国法人の株主等に交付した」とあるのは「内国法人がその行つた適格分割型分割に係る所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第三十八条第二項（合併及び分割による資産等の時価による譲渡等に関する経過措置）の規定により読み替えられた第六十二条の二第二項（適格合併及び適格分割型分割による資産等の帳簿価額による引継ぎ）の規定により同項に規定する株主等に同項に規定する株式を交付したものとされる」と、「第六十二条の二第三項」とあるのは「同条第二項」とする。
３ 新法人税法第六十一条の二第七項及び第八項の規定は、平成十八年十月一日以後に株式交換又は株式移転が行われる場合について適用する。
４ 新法人税法第六十一条の二第九項及び第十項の規定は、会社法施行日以後に同条第九項に規定する合併等又は同条第十項に規定する組織変更が行われる場合について適用する。
５ 会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に新法人税法第六十一条の二第九項に規定する合併等が行われる場合における同項の規定の適用については、同項中「株式交換完全親法人又は株式移転完全親法人」とあるのは、「会社法第七百六十七条（株式交換契約の締結）に規定する株式交換完全親会社又は同法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社」とする。
６ 新法人税法第六十一条の二第十一項の規定は、会社法施行日以後に同項各号に定める事由が生ずる場合について適用する。
７ 新法人税法第六十一条の二第十三項の規定は、施行日以後に同項に規定する出資の払戻しが行われる場合について適用する。
（連結納税の開始等に伴う資産の時価評価損益に関する経過措置）
第三十六条 新法人税法第六十一条の十一第一項第四号の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる適格株式交換に係る株式交換完全子法人である法人について適用する。
２ 新法人税法第六十一条の十一第一項第五号の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる適格合併、同号に規定する合併類似適格分割型分割（以下この項及び第五項において「合併類似適格分割型分割」という。）、適格株式交換又は適格株式移転に係る同号に掲げる法人について適用し、同日前に行われた適格合併、合併類似適格分割型分割又は株式移転に係る旧法人税法第六十一条の十一第一項第四号に掲げる法人については、なお従前の例による。
３ 平成十八年十月一日前に行われた株式交換に係る旧法人税法第六十一条の十一第一項第六号に掲げる法人については、なお従前の例による。
４ 新法人税法第六十一条の十二第一項第二号の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる適格株式交換に係る株式交換完全子法人である法人について適用する。
５ 新法人税法第六十一条の十二第一項第三号の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる適格合併、合併類似適格分割型分割又は適格株式交換に係る同号に掲げる法人について適用し、同日前に行われた適格合併又は合併類似適格分割型分割に係る旧法人税法第六十一条の十二第一項第二号に掲げる法人については、なお従前の例による。
６ 平成十八年十月一日前に行われた株式交換に係る旧法人税法第六十一条の十二第一項第四号に掲げる法人については、なお従前の例による。
７ 会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に株式移転により設立される法人に係る旧法人税法第六十一条の十一及び第六十一条の十二の規定の適用については、旧法人税法第六十一条の十一第一項第一号中「商法第三百五十二条第一項（株式交換）に規定する完全子会社」とあるのは、「会社法第七百七十三条第一項第五号（株式移転計画）に規定する株式移転完全子会社」とする。
（分割前事業年度等における連結法人間取引の損益の調整に関する経過措置）
第三十七条 新法人税法第六十一条の十三第一項の規定は、法人が施行日以後に同項に規定する譲渡損益調整資産を譲渡する場合について適用し、法人が施行日前に旧法人税法第六十一条の十三第一項に規定する譲渡損益調整資産を譲渡した場合については、なお従前の例による。
２ 法人が施行日の前日において旧法人税法第六十一条の十三第二項に規定する譲渡損益調整資産（自己の株式又は出資に限る。）を有していた場合には、当該譲渡損益調整資産につき施行日において同項の事由が生じたものとみなして、同項の規定を適用する。
（合併及び分割による資産等の時価による譲渡等に関する経過措置）
第三十八条 新法人税法第六十二条第一項、第六十二条の二第三項及び第六十二条の六第一項の規定は、法人が会社法施行日以後に行う分割について適用し、法人が会社法施行日前に行った分割については、なお従前の例による。
２ 法人が施行日から会社法施行日の前日までの間に適格分割型分割を行った場合における新法人税法第六十二条の二の規定の適用については、同条第二項中「前項（適格合併に係る部分に限る。）」とあるのは「前項」と、「合併法人」とあるのは「合併法人又は分割承継法人」と、「第六十一条の二第三項」とあるのは「第六十一条の二第四項」と、「当該適格合併」とあるのは「前項の適格合併又は適格分割型分割」とする。
（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等に関する経過措置）
第三十九条 新法人税法第六十二条の八の規定は、法人が会社法施行日以後に行う同条第一項に規定する非適格合併等について適用する。
（非適格株式交換等に係る株式交換完全子法人等の有する資産の時価評価損益に関する経過措置）
第四十条 新法人税法第六十二条の九の規定は、法人が平成十八年十月一日以後に行う株式交換及び株式移転について適用する。
（長期割賦販売等に係る収益及び費用の帰属事業年度に関する経過措置）
第四十一条 新法人税法第六十三条第三項の規定は、法人の平成十八年十月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用する。
（各事業年度の所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
第四十二条 新法人税法第六十六条第一項から第三項までの規定は、法人の平成十九年一月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（特定同族会社の特別税率に関する経過措置）
第四十三条 新法人税法第六十七条第四項の規定は、会社法施行日以後に終了する事業年度にその支払に係る基準日がある剰余金の配当又は利益の配当について適用する。
２ 施行日以後に開始し、かつ、会社法施行日前に終了した事業年度における旧法人税法第六十七条第二項に規定する債務の確定していない賞与の額は、新法人税法第六十七条第三項に規定する留保した金額に含まれるものとする。
（外国税額の控除に関する経過措置）
第四十四条 新法人税法第六十九条第八項及び第十一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とするこれらの規定に規定する配当等の額がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧法人税法第六十九条第八項及び第十一項に規定する配当等の額がある場合については、なお従前の例による。
（連結事業年度における受取配当等の益金不算入に関する経過措置）
第四十五条 新法人税法第八十一条の四第二項の規定は、連結法人が受ける会社法施行日以後の日を同項に規定する基準日とする同項に規定する配当等の額について適用し、連結法人が受けたその計算の基礎となった期間の末日が会社法施行日前である旧法人税法第八十一条の四第二項に規定する配当等の額については、なお従前の例による。
（連結事業年度における寄附金の損金不算入に関する経過措置）
第四十六条 連結法人の会社法施行日前に終了した連結事業年度において支出した旧法人税法第八十一条の六第一項に規定する寄附金の額について同項に規定する経理をしたものについては、なお従前の例による。
２ 連結法人が施行日から会社法施行日の前日までの間に終了する連結事業年度において旧法人税法第八十一条の六第三項に規定する寄附金の額を支出する場合における同項の規定の適用については、同項中「連結個別資本等の金額」とあるのは、「連結個別資本金等の額」とする。
（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）
第四十七条 新法人税法第八十一条の九第二項第二号の規定は、同項の連結子法人が平成十八年十月一日以後に行う適格株式移転に該当しない株式移転に係る株式移転完全子法人である場合における当該株式移転の日の属する事業年度又は連結事業年度前の各事業年度又は各連結事業年度において生じた同号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額について適用し、旧法人税法第八十一条の九第二項の連結子法人が平成十八年十月一日前に行った株式移転に係る同項第二号に規定する完全子会社である場合における当該株式移転の日の属する事業年度又は連結事業年度前の各事業年度又は各連結事業年度において生じた同号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額については、なお従前の例による。
２ 会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に株式移転により設立される法人に係る旧法人税法第八十一条の九の規定の適用については、同条第二項第二号中「商法第三百五十二条第一項（株式交換）に規定する完全子会社」とあるのは「会社法第七百七十三条第一項第五号（株式移転計画）に規定する株式移転完全子会社」と、「完全親会社」とあるのは「同項第一号に規定する株式移転設立完全親会社」とする。
（特定株主等によって支配された欠損等連結法人の連結欠損金の繰越しの不適用に関する経過措置）
第四十八条 新法人税法第八十一条の九の二の規定は、連結法人が施行日以後に同条第一項に規定する他の者との間に当該他の者による同項に規定する特定支配関係を有することとなる場合における同項に規定する適用連結事業年度前の各連結事業年度において生じた同項に規定する連結欠損金額について適用する。
（連結法人間取引の損益の調整に関する経過措置）
第四十九条 新法人税法第八十一条の十第一項の規定は、連結法人が施行日以後に同項に規定する譲渡損益調整資産を譲渡する場合について適用し、連結法人が施行日前に旧法人税法第八十一条の十第一項に規定する譲渡損益調整資産を譲渡した場合については、なお従前の例による。
２ 連結法人が施行日の前日において旧法人税法第八十一条の十第二項に規定する譲渡損益調整資産（自己の株式又は出資に限る。）を有していた場合には、当該譲渡損益調整資産につき施行日において同項の事由が生じたものとみなして、同項の規定を適用する。
（各連結事業年度の連結所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
第五十条 新法人税法第八十一条の十二第一項から第三項までの規定は、これらの規定に規定する連結親法人の連結親法人事業年度（新法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この条及び次条において同じ。）が平成十九年一月一日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、旧法人税法第八十一条の十二第一項から第三項までに規定する連結親法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（連結特定同族会社の特別税率に関する経過措置）
第五十一条 新法人税法第八十一条の十三の規定は、同条第一項の連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、旧法人税法第八十一条の十三第一項の連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
２ 新法人税法第八十一条の十三第三項の規定は、会社法施行日以後に終了する連結事業年度にその支払に係る基準日がある剰余金の配当又は利益の配当について適用する。
３ 施行日以後に開始し、かつ、会社法施行日前に終了した連結事業年度における旧法人税法第八十一条の十三第二項に規定する債務の確定していない賞与の額は、新法人税法第八十一条の十三第二項に規定する留保した金額に含まれるものとする。
（連結事業年度における外国税額の控除に関する経過措置）
第五十二条 新法人税法第八十一条の十五第八項及び第十一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とするこれらの規定に規定する配当等の額がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧法人税法第八十一条の十五第八項及び第十一項に規定する配当等の額がある場合については、なお従前の例による。
（特定信託の各計算期間の所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
第五十三条 新法人税法第八十二条の四の規定は、特定信託の受託者である法人の平成十九年一月一日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税について適用し、特定信託の受託者である法人の同日前に開始した計算期間の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（解散の場合の清算所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
第五十四条 新法人税法第九十九条第一項及び第二項並びに第百二条第一項の規定は、法人の平成十九年一月一日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の同日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（同族会社等の行為又は計算の否認等に関する経過措置）
第五十五条 新法人税法第百三十二条第三項の規定は、法人が施行日以後に行う行為又は計算について適用する。
２ 新法人税法第百三十二条の二の規定は、法人が平成十八年十月一日以後に行う行為又は計算について適用し、法人が同日前に行った行為又は計算については、なお従前の例による。
（外国法人に係る各事業年度の所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
第五十六条 新法人税法第百四十三条第一項から第三項までの規定は、外国法人の平成十九年一月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、外国法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（外国法人に係る特定信託の各計算期間の所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
第五十七条 新法人税法第百四十五条の四の規定は、特定信託の受託者である外国法人の平成十九年一月一日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税について適用し、特定信託の受託者である外国法人の同日前に開始した計算期間の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（申告書の公示に関する経過措置）
第五十八条 施行日前に税務署長が旧法人税法第百五十二条の規定により行った公示については、なお従前の例による。
（罰則に関する経過措置）
第二百十一条 この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（その他の経過措置の政令への委任）
第二百十二条 この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
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