条文
（施行期日）
第一条 この法律は、平成十一年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一 第一条中租税特別措置法の目次の改正規定（「／ 第四節 印紙税法の特例（第九十一条―第九十二条）／附則／」を「／ 第四節 印紙税法の特例（第九十一条―第九十二条）／第七章 利子税等の割合の特例（第九十三条―第九十六条）／附則／」に改める部分に限る。）、同法第一条の改正規定、同法第六十六条の三の改正規定及び同法の本則に一章を加える改正規定並びに附則第四十一条の規定 平成十二年一月一日
二 第一条中租税特別措置法第八条第一項第一号の改正規定（「により登録した公社債」の下に「（国債にあつては、第五条の二第四項第四号に規定する一括登録がされているものに限る。）」を加える部分に限る。）及び附則第四条の規定 平成十三年一月一日
三 第一条中租税特別措置法第十条の四第一項の改正規定（「（当該特定事業基盤強化設備が第六号に定める資産である場合には、百分の二十）」を削る部分及び同項第六号の改正規定に限る。）、同条第三項の改正規定（「（当該特定事業基盤強化設備が第一項第六号に定める資産である場合には、百分の五）」を削る部分に限る。）、同条第四項の改正規定、同法第四十二条の七第一項の改正規定（「（当該特定事業基盤強化設備が第六号に定める資産である場合には、百分の二十）」を削る部分及び同項第六号の改正規定に限る。）、同条第二項の改正規定（「（当該特定事業基盤強化設備が前項第六号に定める資産である場合には、百分の五）」を削る部分に限る。）及び同条第三項の改正規定並びに附則第八条第一項及び第二十四条第二項の規定 持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律（平成十一年法律第百十号）の施行の日
四 第一条中租税特別措置法第十条の四第一項第七号の改正規定、同法第十三条の二の見出しの改正規定、同条第一項の改正規定（同項に一号を加える部分に限る。）、同法第十八条第一項の改正規定（「平成十一年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改める部分を除く。）、同法第四十二条の七第一項第七号の改正規定、同法第四十六条の見出しの改正規定、同条第一項の改正規定（同項に一号を加える部分に限る。）、同法第五十二条第一項の改正規定（「平成十一年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改める部分を除く。）、同法第六十六条の十第一項の改正規定（「平成十一年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改める部分を除く。）及び同法第六十六条の十四に各号を加える改正規定（第二号に係る部分に限る。）並びに附則第八条第二項、第十条第十項及び第十六項、第十四条第七項、第二十四条第三項、第二十六条第十三項及び第十九項、第二十九条第五項並びに第三十条の規定 中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）の施行の日
五 第一条中租税特別措置法第十一条の五の見出しの改正規定、同条第一項の改正規定（同項の表の第一号の改正規定を除く。）、同法第四十四条の六第一項の表の第三号を削る改正規定及び同表の第四号を同表の第三号とし、同表の第五号を削り、同表に一号を加える改正規定並びに附則第十条第五項並びに第二十六条第六項及び第七項の規定 高度テレビジョン放送施設整備促進臨時措置法（平成十一年法律第六十三号）の施行の日
六 第一条中租税特別措置法第三十七条の十三の次に一条を加える改正規定及び同法第六十七条の九の次に三条を加える改正規定並びに附則第十六条及び第三十三条の規定 商法等の一部を改正する法律（平成十一年法律第百二十五号）の施行の日
七 第一条中租税特別措置法第三十七条の十六第一項に一号を加える改正規定及び附則第十七条第二項の規定 都市基盤整備公団法（平成十一年法律第七十六号）附則第一条ただし書に規定する日
八 第一条中租税特別措置法第八十五条第一項の改正規定、同法第八十八条の改正規定及び同法第八十八条の三及び第八十八条の四の改正規定並びに附則第三十八条第一項及び第四項、第五十一条並びに第五十三条の規定 平成十一年五月一日
九 第一条中租税特別措置法第九十条の八第一項の改正規定（「一万五千六百円」を「一万三千円」に改める部分に限る。）及び附則第三十九条の規定 平成十一年七月一日
（租税特別措置法の一部改正に伴う所得税の特例に関する経過措置の原則）
第二条 第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新租税特別措置法」という。）第二章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、平成十一年分以後の所得税について適用し、平成十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
（一括登録国債の利子の課税の特例に関する経過措置）
第三条 新租税特別措置法第五条の二の規定は、非居住者又は外国法人が支払を受ける同条第一項に規定する一括登録国債の利子でその計算期間の初日が平成十一年九月一日以後であるものについて適用する。
（金融機関等の受ける利子所得に対する源泉徴収の不適用に関する経過措置）
第四条 新租税特別措置法第八条第一項第一号の規定は、同項に規定する金融機関又は同条第二項に規定する証券業者等が支払を受ける同号に掲げる利子でその計算期間の初日が平成十三年一月一日以後であるものについて適用し、その計算期間の初日が平成十三年一月一日前であるものについては、なお従前の例による。
（上場会社等の利益をもってする株式の消却の場合のみなし配当の課税の特例等に関する経過措置）
第五条 この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前に利益をもってする株式の消却に係る第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧租税特別措置法」という。）第九条の五第一項に規定する公開買付けに応じて行う同項に規定する上場会社等の株式の譲渡をした個人の同条第三項に規定する場合における当該株式の譲渡による所得については、なお従前の例による。
２ 旧租税特別措置法第九条の五第一項に規定する個人が、施行日から平成十四年十二月三十一日までの間に、利益をもってする株式の消却に係る同項に規定する公開買付けに応じて行う同項に規定する上場会社等の株式の譲渡をした場合における当該株式の譲渡による所得については、同条第三項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第一項の規定の」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第七号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第九条の四第一項の規定の」と、「第三十七条の十一」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十一」とする。
３ 個人が、施行日前に旧租税特別措置法第九条の七第三項に規定する決議による株式の買受けに係る同項に規定する公開買付けに応じて行う株式の譲渡をした場合における当該株式の譲渡による所得については、なお従前の例による。
４ 個人が、施行日から商法等の一部を改正する等の法律（平成十三年法律第七十九号）附則第二十四条第一項に規定する株式会社の同項に規定する次期決算期に関する定時総会の終結の時までの間に、当該株式会社の同法による廃止前の株式の消却の手続に関する商法の特例に関する法律（平成九年法律第五十五号）第三条の二第四項の決議による株式の買受けに係る旧租税特別措置法第九条の七第三項に規定する公開買付けに応じて行う株式の譲渡をした場合における当該株式の譲渡による所得については、同項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第三十七条の十一」とあるのは、「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十一」とする。
（試験研究費の額が増加した場合等の所得税額の特別控除に関する経過措置）
第六条 新租税特別措置法第十条の規定は、個人の平成十二年以後の各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される同条第三項第一号に規定する試験研究費の額及び同項第四号に規定する特別試験研究費の額について適用し、平成十一年以前の各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される旧租税特別措置法第十条第七項第一号に規定する試験研究費の額、平成十一年三月三十一日以前に個人の事業の用に供した同項第二号に規定する基盤技術開発研究用資産、同年以前の各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される同項第三号に規定する特別試験研究費の額については、なお従前の例による。
２ 前項の基盤技術開発研究用資産につき旧租税特別措置法第十条第二項から第四項までの規定の適用がある場合における当該基盤技術開発研究用資産の取得に係る新租税特別措置法第二十八条の三第十一項、第三十三条の六第二項、第三十七条の三第三項（新租税特別措置法第三十七条の五第二項において準用する場合を含む。）及び第三十七条の九の二第五項の規定の適用については、新租税特別措置法第二十八条の三第十一項中「までの規定」とあるのは「まで並びに租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「平成十一年旧法」という。）第十条第二項から第四項までの規定」と、新租税特別措置法第三十三条の六第二項、第三十七条の三第三項及び第三十七条の九の二第五項中「までの規定」とあるのは「まで並びに平成十一年旧法第十条第二項から第四項までの規定」とする。
（エネルギー需給構造改革推進設備を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除に関する経過措置）
第七条 新租税特別措置法第十条の二の規定は、個人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備について適用し、個人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第十条の二第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備については、なお従前の例による。
（事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は所得税額の特別控除に関する経過措置）
第八条 新租税特別措置法第十条の四（同条第一項第六号に係る部分に限る。）の規定は、同号に掲げる個人が持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律の施行の日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同項に規定する事業基盤強化設備について適用し、旧租税特別措置法第十条の四第一項第六号に掲げる個人が同日前に取得若しくは製作又は賃借をした同項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
２ 新租税特別措置法第十条の四（同条第一項第七号に係る部分に限る。）の規定は、同号に掲げる個人が中小企業経営革新支援法の施行の日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同項に規定する事業基盤強化設備について適用し、旧租税特別措置法第十条の四第一項第七号に掲げる個人が同日前に取得若しくは製作又は賃借をした同項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
（中小企業者が機械等を取得した場合等の特別償却又は所得税額の特別控除に関する経過措置）
第九条 新租税特別措置法第十条の七の規定は、個人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項に規定する特定機械装置等について適用し、個人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第十条の七第一項に規定する特定機械装置等については、なお従前の例による。
（個人の減価償却に関する経過措置）
第十条 新租税特別措置法第十一条第一項の規定は、個人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする同項に規定する特定設備等について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第十一条第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。
２ 新租税特別措置法第十一条の二第一項の規定は、個人が施行日以後に取得等をする同項に規定する地震防災対策用資産について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第十一条の二第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。
３ 新租税特別措置法第十一条の三第一項の規定は、個人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する事業革新設備について適用し、個人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第十一条の三第一項に規定する事業革新設備については、なお従前の例による。
４ 新租税特別措置法第十一条の五第一項（同項の表の第一号に係る部分に限る。）の規定は、個人が施行日以後に取得等をする同項に規定する特定電気通信設備等について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第十一条の五第一項（同項の表の第一号に係る部分に限る。）に規定する特定電気通信設備については、なお従前の例による。
５ 個人が平成十一年三月三十一日以前に取得等をした旧租税特別措置法第十一条の五第一項（同項の表の第二号に係る部分に限る。）に規定する特定電気通信設備については、なお従前の例による。
６ 新租税特別措置法第十二条第一項の規定は、個人が施行日以後に取得等をする同項に規定する工業用機械等について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第十二条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
７ 新租税特別措置法第十二条の二第二項の規定は、個人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する医療用機器等について適用し、個人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第十二条の二第二項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。
８ 施行日から中小企業経営革新支援法の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第十三条の二第一項の規定の適用については、同項中「百分の二十七（当該機械設備等が第一号に定める漁船である場合には、百分の十六）」とあるのは、「百分の十六」とする。
９ 中小企業経営革新支援法の施行の日前に旧租税特別措置法第十三条の二第一項第一号に規定する中小企業構造改善計画につき同号の承認を受けた同号の商工組合等の構成員である個人の有する同号に定める減価償却資産については、同条の規定（同号に係る部分に限る。）は、なおその効力を有する。この場合において、同号中「平成十一年三月三十一日」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）の施行の日の前日」と、「同法」とあるのは「中小企業近代化促進法」とする。
１０ 中小企業経営革新支援法の施行の日以後における前項の規定の適用については、同項中「「平成十一年三月三十一日」」とあるのは「「中小企業近代化促進法（昭和三十八年法律第六十四号）第二条」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）附則第二条の規定による廃止前の中小企業近代化促進法（昭和三十八年法律第六十四号。以下「旧中小企業近代化促進法」という。）第二条」と、「平成十一年三月三十一日」」と、「「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）の施行の日の前日」」とあるのは「「中小企業経営革新支援法の施行の日の前日」」と、「「中小企業近代化促進法」」とあるのは「「旧中小企業近代化促進法」と、「中小企業近代化促進法第四条第一項」とあるのは「旧中小企業近代化促進法第四条第一項」」とする。
１１ 施行日から平成十三年十二月三十一日までの間に沖縄振興開発特別措置法（昭和四十六年法律第百三十一号）第二十条第一項に規定する構造改善計画につき同項又は同条第二項の承認を受ける同条第一項の商工組合等の構成員である個人の有する旧租税特別措置法第十三条の二第一項第一号に定める減価償却資産については、同条の規定（同号に係る部分に限る。）は、なおその効力を有する。
１２ 旧租税特別措置法第十三条の二第一項第二号に規定する構造改善事業計画又は構造改善円滑化計画につき同号の承認を受けた同号の特定組合又は特定商工組合等の構成員である個人が平成十一年において有する同号に定める減価償却資産については、なお従前の例による。
１３ 新租税特別措置法第十四条第三項の規定は、個人が施行日以後に取得又は新築をする同項に規定する特定再開発建築物等について適用し、個人が施行日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第十四条第三項に規定する特定再開発建築物等については、なお従前の例による。
１４ 個人が施行日前に取得した旧租税特別措置法第十六条第二項に規定する通気坑道又は排水坑道については、なお従前の例による。
１５ 新租税特別措置法第十八条第一項第二号の規定は、個人が中小企業経営革新支援法の施行の日以後に支出する同号に定める負担金について適用し、個人が同日前に支出した旧租税特別措置法第十八条第一項第二号、第三号又は第八号に定める負担金については、なお従前の例による。
（個人の技術等海外取引に係る所得の特別控除に関する経過措置）
第十一条 平成十一年分の所得税に係る新租税特別措置法第二十一条第一項の規定の適用については、同項中「総収入金額のうちに」とあるのは「総収入金額のうちに租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法第二十一条第一項に規定する技術等海外取引又は」と、「当該収入金額の百分の十二」とあるのは「平成十一年一月一日から同年三月三十一日までの期間内の同条第二項各号に掲げる取引による収入金額の百分の六（同項第二号に掲げる取引によるものについては、百分の十二）に相当する金額と同年四月一日から同年十二月三十一日までの期間内の技術等海外取引による収入金額の百分の十二」と、「金額（当該金額」とあるのは「金額との合計額（当該合計額」とする。
（特定の取締役等が受ける株式譲渡請求権等の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等に関する経過措置）
第十二条 旧租税特別措置法第二十九条の二第五項に規定する特例適用者又は承継特例適用者が施行日前にした同項に規定する特定株式又は承継特定株式の同項に規定する株式等の譲渡による同項に規定する株式等に係る譲渡所得等については、なお従前の例による。
２ 新租税特別措置法第二十九条の二第四項に規定する特例適用者又は承継特例適用者が、施行日から平成十四年十二月三十一日までの期間内に、同項に規定する特定株式又は承継特定株式の譲渡をする場合における当該譲渡による所得については、旧租税特別措置法第二十九条の二第五項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第五項中「第三十七条の十一第一項」とあるのは、「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十一第一項」とする。
（山林所得に係る森林計画特別控除に関する経過措置）
第十三条 新租税特別措置法第三十条の二の規定は、個人が施行日以後に行うその有する山林の同条第一項に規定する伐採又は譲渡について適用し、個人が施行日前に行ったその有する山林の旧租税特別措置法第三十条の二第一項に規定する伐採又は譲渡については、なお従前の例による。
（個人の譲渡所得の課税の特例に関する経過措置）
第十四条 新租税特別措置法第三十一条第二項の規定は、個人が平成十一年一月一日以後に行う同条第一項に規定する土地等又は建物等の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧租税特別措置法第三十一条第一項に規定する土地等又は建物等の譲渡については、なお従前の例による。
２ 新租税特別措置法第三十一条の二の規定は、個人が平成十一年一月一日以後に行う同条第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡又は同条第三項に規定する確定優良住宅地等予定地のための譲渡に該当する譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧租税特別措置法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡又は同条第三項に規定する確定優良住宅地等予定地のための譲渡に該当する譲渡については、なお従前の例による。
３ 新租税特別措置法第三十四条の二第二項第三号の規定は、個人が平成十一年一月一日以後に行う同条第一項に規定する土地等の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧租税特別措置法第三十四条の二第一項に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。
４ 新租税特別措置法第三十四条の二第二項第十八号の規定は、個人が施行日以後に行う同条第一項に規定する土地等の譲渡について適用する。
５ 旧租税特別措置法第三十七条第一項の表の第十九号の上欄のイ又は同表の第二十号の上欄のイ若しくはハに掲げる個人が施行日前に行った同表の第十九号の上欄又は同表の第二十号の上欄に掲げる資産の譲渡については、なお従前の例による。
６ 旧租税特別措置法第三十七条第一項の表の第十九号の上欄のイに掲げる個人が施行日から同欄のイの承認を受けた日以後三年を経過する日までの間に行う同欄に掲げる資産の譲渡については、同条から第三十七条の四まで（同欄のイに係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第三十一条若しくは」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号。以下「平成十一年改正法」という。）第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「平成十一年新法」という。）第三十一条（平成十一年新法第三十一条の二の規定により適用される場合を含む。）若しくは」と、同欄のイ中「平成十一年三月三十一日まで」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）の施行の日の前日まで」と、旧租税特別措置法第三十七条第四項及び第五項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、同条第六項中「第三十一条第一項」とあるのは「平成十一年新法第三十一条第一項」と、同条第七項及び第八項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、旧租税特別措置法第三十七条の三第三項中「第十条第二項から第四項まで、第十条の二から第十条の五まで、第十条の七から第十二条の三まで及び第十三条の三から第十六条までの規定」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第十九条各号に掲げる規定（同法第十三条第一項及び第十三条の二の規定を除く。）」とする。
７ 中小企業経営革新支援法の施行の日以後における前項の規定の適用については、同項中「前日まで」と」とあるのは、「前日まで」と、「特定中小企業者の新分野進出等による経済の構造的変化への適応の円滑化に関する臨時措置法」とあるのは「同法附則第二条の規定による廃止前の特定中小企業者の新分野進出等による経済の構造的変化への適応の円滑化に関する臨時措置法（平成五年法律第九十三号）」と」とする。
８ 第六項の規定の適用がある場合における新租税特別措置法第三十一条の三、第三十四条から第三十四条の三まで、第三十五条、第三十六条の二、第三十六条の五、第三十六条の六、第三十七条の五及び第三十七条の六の規定の適用については、新租税特別措置法第三十一条の三第一項中「第三十七条の九の二の規定」とあるのは「第三十七条の九の二の規定若しくは租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十四条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「平成十一年旧法」という。）第三十七条若しくは第三十七条の四の規定」と、新租税特別措置法第三十四条第一項、第三十四条の二第一項及び第三十四条の三第一項中「又は第三十七条の九の二」とあるのは「若しくは第三十七条の九の二又は平成十一年旧法第三十七条若しくは第三十七条の四」と、新租税特別措置法第三十五条第一項中「第三十七条の九の二の規定」とあるのは「第三十七条の九の二の規定若しくは平成十一年旧法第三十七条若しくは第三十七条の四の規定」と、新租税特別措置法第三十六条の二第一項中「又は第三十七条の九の二」とあるのは「若しくは第三十七条の九の二又は平成十一年旧法第三十七条若しくは第三十七条の四」と、新租税特別措置法第三十七条の五第一項中「若しくは第三十七条」とあるのは「若しくは第三十七条若しくは平成十一年旧法第三十七条」と、新租税特別措置法第三十七条の六第一項各号中「又は」とあるのは「若しくは」と、「の規定の」とあるのは「又は平成十一年旧法第三十七条若しくは第三十七条の四の規定の」とする。
９ 新租税特別措置法第三十七条第一項の表の第二十二号の規定は、個人が施行日以後に行う同号の上欄に掲げる資産の譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧租税特別措置法第三十七条第一項の表の第二十二号の上欄に掲げる資産の譲渡については、なお従前の例による。
１０ 新租税特別措置法第三十七条の七第一項の規定は、個人が平成十一年一月一日以後に行う同項に規定する土地等の交換又は譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧租税特別措置法第三十七条の七第一項に規定する土地等の交換又は譲渡については、なお従前の例による。
（上場株式等に係る譲渡所得等の源泉分離選択課税に関する経過措置）
第十五条 旧租税特別措置法第三十七条の十一第一項に規定する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が施行日前に行った同項に規定する上場株式等の譲渡による株式等に係る譲渡所得等（同項に規定する株式等に係る譲渡所得等をいう。次項において同じ。）については、なお従前の例による。
２ 旧租税特別措置法第三十七条の十一第一項に規定する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が施行日から平成十四年十二月三十一日までの間に行う同項に規定する上場株式等の譲渡による株式等に係る譲渡所得等については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項中「前条第三項」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「平成十四年新法」という。）第三十七条の十第三項」と、「第二条第十一項」とあるのは「第二条第十四項」と、「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、「前条の」とあるのは「平成十四年新法第三十七条の十の」と、「第二百三十条ノ八ノ二第二項又は商法等の一部を改正する法律（昭和五十六年法律第七十四号）附則第十九条第一項の規定に基づいて行うこれらの規定に規定する端株又は単位未満株式」とあるのは「第二百二十条ノ六第一項（同法第二百二十一条第六項において準用する場合を含む。）の規定に基づいて行う同法第二百二十条ノ六第一項又は第二百二十一条第六項に規定する端株又は一単元の株式の数に満たざる数の株式」と、同条第四項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、「転換社債又は新株引受権付社債」とあるのは「平成十四年新法第三十七条の十第三項第三号に規定する新株予約権付社債又は商法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第百二十八号）附則第七条第一項の規定によりなお従前の例によることとされた転換社債若しくは新株引受権付社債」と、同条第五項中「平成十二年三月三十一日」とあるのは「平成十四年十二月三十一日」と、同条第八項中「租税特別措置法」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十五条第二項（上場株式等に係る譲渡所得等の源泉分離選択課税に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法」とする。
（株式交換又は株式移転に係る課税の特例に関する経過措置）
第十六条 新租税特別措置法第三十七条の十三の二の規定は、個人が商法等の一部を改正する法律（平成十一年法律第百二十五号）の施行の日以後に行う同条第一項に規定する特定子会社株式の移転による譲渡について適用する。
（割引の方法により発行される公社債の譲渡による所得の課税の特例に関する経過措置）
第十七条 施行日前に発行された旧租税特別措置法第三十七条の十六第一項第二号に規定する国債の譲渡による所得及び当該譲渡に係る対価の支払に関する同条第三項に規定する調書については、なお従前の例による。
２ 新租税特別措置法第三十七条の十六（同条第一項第三号に係る部分に限る。）の規定は、個人が都市基盤整備公団法附則第一条ただし書に規定する日以後に行う同号に規定する公社債の譲渡による所得について適用する。
（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
第十八条 居住者が平成十年十二月三十一日以前に新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋（当該増改築等に係る部分に限る。以下この条において同じ。）を同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合における新租税特別措置法第四十一条及び第四十一条の二の規定の適用については、新租税特別措置法第四十一条第一項第一号中「借入金（当該住宅の取得等とともにする当該住宅の取得等に係る家屋の敷地の用に供される土地又は当該土地の上に存する権利（以下この項において「土地等」という。）の取得に要する資金に充てるためにこれらの者から借り入れた借入金として政令で定めるものを含む。）及び」とあるのは「借入金（」と、「のうち」とあるのは「を含む。）で」と、同項第二号中「当該住宅の取得等（当該住宅の取得等とともにする当該住宅の取得等に係る家屋の敷地の用に供される土地等の取得として政令で定めるものを含む。）」とあるのは「当該住宅の取得等」と、同項第三号中「取得（当該既存住宅の取得とともにする当該既存住宅の敷地の用に供されていた土地等の取得として政令で定めるものを含む。）」とあるのは「取得」と、同項第四号中「借入金（当該住宅の取得等とともにする当該住宅の取得等に係る家屋の敷地の用に供される土地等の取得に要する資金に充てるために当該その者に係る使用者から借り入れた借入金として政令で定めるものを含む。）」とあるのは「借入金」と、「当該住宅の取得等（当該住宅の取得等とともにする当該住宅の取得等に係る家屋の敷地の用に供される土地等の取得として政令で定めるものを含む。）」とあるのは「当該住宅の取得等」とする。
２ 居住者が、新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する住宅の取得等（以下この条において「住宅の取得等」という。）をし、かつ、当該住宅の取得等をした同項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋を平成十一年一月一日から同年三月三十一日までの間に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合において、同年以後六年間の各年（当該居住の用に供した日以後その年の十二月三十一日（その者が死亡した日の属する年又は当該住宅の取得等をした同項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋が災害により居住の用に供することができなくなった日の属する年にあっては、これらの日。以下この項において同じ。）まで引き続きその居住の用に供している年に限る。以下この条において「特例適用年」という。）において当該住宅の取得等に係る新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する住宅借入金等（以下この条において「特例適用住宅借入金等」という。）の金額を有するときは、その者の選択により、当該特例適用年における同項に規定する住宅借入金等特別税額控除額は、新租税特別措置法第四十一条第二項及び第四十一条の二の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）として、新租税特別措置法第四十一条及び第四十一条の二の二の規定を適用することができる。
一 特例適用年が平成十一年から平成十三年までの各年である場合 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ その年十二月三十一日における特例適用住宅借入金等の金額の合計額が千万円以下である場合 当該合計額の二パーセントに相当する金額
ロ その年十二月三十一日における特例適用住宅借入金等の金額の合計額が千万円を超え二千万円以下である場合 当該千万円を超える金額の一パーセントに相当する金額に二十万円を加えた金額
ハ その年十二月三十一日における特例適用住宅借入金等の金額の合計額が二千万円を超える場合 当該二千万円を超える金額（当該金額が千万円を超える場合には、千万円）の〇・五パーセントに相当する金額に三十万円を加えた金額
二 特例適用年が平成十四年から平成十六年までの各年である場合 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ その年十二月三十一日における特例適用住宅借入金等の金額の合計額が二千万円以下である場合 当該合計額の一パーセントに相当する金額
ロ その年十二月三十一日における特例適用住宅借入金等の金額の合計額が二千万円を超える場合 当該二千万円を超える金額（当該金額が千万円を超える場合には、千万円）の〇・五パーセントに相当する金額に二十万円を加えた金額
３ 前項の居住者が、特例適用年において、特例適用住宅借入金等の金額（同項の規定により新租税特別措置法第四十一条又は第四十一条の二の二の規定の適用を受けるものに限る。以下この項において同じ。）及び当該特例適用住宅借入金等の金額に係る住宅の取得等以外の住宅の取得等（以下この項において「他の住宅取得等」という。）に係る新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する住宅借入金等（当該他の住宅取得等をした同項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋に係る同項に規定する適用年に係るものに限る。以下この項において「他の住宅借入金等」という。）の金額を有する場合には、当該特例適用年における前項の住宅借入金等特別税額控除額は、同項各号の規定にかかわらず、当該特例適用住宅借入金等の金額及び当該他の住宅借入金等の金額について、第四十一条の二の規定に準じて政令で定めるところにより計算した金額とする。
４ 第二項の居住者が、二以上の住宅の取得等をし、かつ、これらの住宅の取得等をした同項の居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋を平成十一年一月一日から同年三月三十一日までの間に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合には、同項に規定する選択は、これらの住宅の取得等に係る特例適用住宅借入金等の金額のすべてについてしなければならないものとする。
５ 第二項の居住者が、特例適用住宅借入金等の金額（同項の規定により新租税特別措置法第四十一条又は第四十一条の二の二の規定の適用を受けるものに限る。）に係る住宅の取得等以外の住宅の取得等（以下この項において「他の住宅取得等」という。）をし、かつ、当該他の住宅取得等をした新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋を平成十一年四月一日から同年十二月三十一日までの間に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合において、特例適用年において当該他の住宅取得等に係る同項に規定する住宅借入金等（以下この項において「平成十一年居住分の他の住宅借入金等」という。）の金額を有するときは、当該平成十一年居住分の他の住宅借入金等の金額は、特例適用住宅借入金等の金額に該当するものとみなして、第二項から前項までの規定を適用する。
６ 第二項の規定により新租税特別措置法第四十一条又は第四十一条の二の二の規定の適用を受ける場合におけるこれらの規定の適用については、新租税特別措置法第四十一条第一項中「六年間（同日（以下この項、次項及び次条において「居住日」という。）の属する年が平成十一年若しくは平成十二年である場合又は居住日が平成十三年一月一日から同年六月三十日までの期間（次項及び次条において「平成十三年前期」という。）内の日である場合には十五年間とし、居住日が平成十三年七月一日から同年十二月三十一日までの期間（次項及び次条において「平成十三年後期」という。）内の日である場合又は居住日の属する年が平成十四年から平成二十年までの各年である場合には十年間とする。）の各年（当該居住日」とあるのは「六年間の各年（同日」と、新租税特別措置法第四十一条の二の二第一項中「（以下この項及び第五項において「居住日」という。）の属する」とあるのは「の属する」と、「四年内（居住日の属する年が平成十一年若しくは平成十二年である場合又は居住日が同条第一項に規定する平成十三年前期（以下この項及び第五項において「平成十三年前期」という。）内の日である場合には十三年内とし、居住日が同条第一項に規定する平成十三年後期（以下この項及び第五項において「平成十三年後期」という。）内の日である場合又は居住日の属する年が平成十四年から平成二十年までの各年である場合には八年内とする。）」とあるのは「四年内」と、「同条第一項の」とあるのは「同項の」と、「居住者が、当該居住日」とあるのは「居住者が、同日」と、「五年内（当該居住日の属する年が平成十一年若しくは平成十二年である場合又は当該居住日が平成十三年前期内の日である場合には十四年内とし、当該居住日が平成十三年後期内の日である場合又は当該居住日の属する年が平成十四年から平成二十年までの各年である場合には九年内とする。）」とあるのは「五年内」と、同条第五項中「、居住日の」とあるのは「、第四十一条第一項に規定する居住の用に供した日の」と、「四年内（居住日の属する年が平成十一年若しくは平成十二年である場合又は居住日が平成十三年前期内の日である場合には十三年内とし、居住日が平成十三年後期内の日である場合又は居住日の属する年が平成十四年から平成二十年までの各年である場合には八年内とする。）」とあるのは「四年内」と、「第四十一条第一項」とあるのは「同項」と、「から当該居住日」とあるのは「から当該居住の用に供した日」とする。
７ 第二項の規定により新租税特別措置法第四十一条の規定の適用を受ける場合における同条第十項の規定の特例その他第二項から前項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（特定の居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の繰越控除に関する経過措置）
第十九条 居住者が平成十年十二月三十一日以前に行った旧租税特別措置法第四十一条の五第三項第一号に規定する譲渡資産の譲渡につき同条第一項の規定の適用を受けた場合における当該適用に係る同条第四項に規定する買換資産の取得については、なお従前の例による。
２ 居住者が平成十年十二月三十一日以前に行った旧租税特別措置法第四十一条の五第三項第一号に規定する譲渡資産の譲渡に係る同条第五項に規定する買換資産に係る居住用財産の譲渡損失の金額については、なお従前の例による。
３ 平成十年十二月三十一日以前に旧租税特別措置法第四十一条の五第三項第一号に規定する譲渡資産の譲渡を行った同条第十項に規定する者の同項の規定による修正申告書の提出及び当該修正申告書の提出により納付すべき税額の納付については、なお従前の例による。
（償還差益に対する分離課税等に関する経過措置）
第二十条 外国法人が施行日前に発行された旧租税特別措置法第四十一条の十二第七項に規定する割引債について支払を受ける同項に規定する償還差益については、なお従前の例による。
（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置等と定率による税額控除の特例との調整）
第二十一条 附則第六条から第九条まで、第十四条又は第十八条の規定の適用がある場合における経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第八号。以下「所得税等負担軽減措置法」という。）第六条の規定の適用については、所得税等負担軽減措置法第二条第三号中「規定並びに」とあるのは、「規定、租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第六条から第九条まで、第十四条及び第十八条の規定並びに」とする。
２ 附則第十八条の規定の適用がある場合における所得税等負担軽減措置法第十二条の規定の適用については、同条第二項中「規定を」とあるのは「規定（租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十八条の規定の適用がある場合には、当該規定を含む。）を」と、「同条第二号」とあるのは「所得税法第百九十条第二号」とする。
（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
第二十二条 新租税特別措置法第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十三条 新租税特別措置法第四十二条の五の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の五第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等については、なお従前の例による。
２ 前項の規定によりなお従前の例によることとされる旧租税特別措置法第四十二条の五第二項に規定する法人が同条第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等の取得又は製作若しくは建設をした場合における新租税特別措置法第四十二条の四から第四十二条の十二までの規定の適用については、新租税特別措置法第四十二条の四第一項、第四十二条の五第二項、第四十二条の六第二項、第四十二条の七第二項、第四十二条の八第二項、第四十二条の九第一項、第四十二条の十第一項、第四十二条の十一第一項及び第四十二条の十二第二項中「第六十八条の二」とあるのは、「第六十八条の二並びに租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十三条第一項」とする。
（事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十四条 新租税特別措置法第四十二条の七の規定は、次項及び第三項に定めるものを除き、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項に規定する事業基盤強化設備について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
２ 新租税特別措置法第四十二条の七（同条第一項第六号に係る部分に限る。）の規定は、同号に掲げる法人が持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律の施行の日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同項に規定する事業基盤強化設備について適用し、旧租税特別措置法第四十二条の七第一項第六号に掲げる法人が同日前に取得若しくは製作又は賃借をした同項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
３ 新租税特別措置法第四十二条の七（同条第一項第七号に係る部分に限る。）の規定は、同号に掲げる法人が中小企業経営革新支援法の施行の日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同項に規定する事業基盤強化設備について適用し、旧租税特別措置法第四十二条の七第一項第七号に掲げる法人が同日前に取得若しくは製作又は賃借をした同項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
（中小企業者等が機械等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第二十五条 新租税特別措置法第四十二条の十二の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項に規定する特定機械装置等について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の十二第一項に規定する特定機械装置等については、なお従前の例による。
（法人の減価償却に関する経過措置）
第二十六条 新租税特別措置法第四十三条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする同項に規定する特定設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十三条第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。
２ 新租税特別措置法第四十三条の三第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする同項に規定する特定中核的民間施設について適用し、法人が施行日前に取得又は建設をした旧租税特別措置法第四十三条の三第一項に規定する特定中核的民間施設については、なお従前の例による。
３ 新租税特別措置法第四十四条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する地震防災対策用資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。
４ 新租税特別措置法第四十四条の四第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する事業革新設備について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第四十四条の四第一項に規定する事業革新設備については、なお従前の例による。
５ 新租税特別措置法第四十四条の六第一項（同項の表の第二号及び第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する特定電気通信設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の六第一項（同項の表の第二号及び第四号に係る部分に限る。）に規定する特定電気通信設備については、なお従前の例による。
６ 法人が平成十一年三月三十一日以前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の六第一項（同項の表の第三号に係る部分に限る。）に規定する特定電気通信設備については、なお従前の例による。
７ 法人が平成十一年五月三十一日以前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の六第一項（同項の表の第五号に係る部分に限る。）に規定する特定電気通信設備については、なお従前の例による。
８ 新租税特別措置法第四十四条の七第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する商業施設等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の七第一項に規定する商業施設等については、なお従前の例による。
９ 新租税特別措置法第四十五条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十五条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
１０ 新租税特別措置法第四十五条の二第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する医療用機器等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第四十五条の二第二項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。
１１ 施行日から中小企業経営革新支援法の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第四十六条第一項の規定の適用については、同項中「百分の二十七（当該資産が第一号に定める漁船である場合には、百分の十六）」とあるのは、「百分の十六」とする。
１２ 中小企業経営革新支援法の施行の日前に旧租税特別措置法第四十六条第一項第一号に規定する中小企業構造改善計画につき同号の承認を受けた同号の商工組合等の構成員である法人の有する同号に定める減価償却資産については、同条の規定（同号に係る部分に限る。）は、なおその効力を有する。この場合において、同号中「平成十一年三月三十一日」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）の施行の日の前日」と、「同法」とあるのは「中小企業近代化促進法」とする。
１３ 中小企業経営革新支援法の施行の日以後における前項の規定の適用については、同項中「「平成十一年三月三十一日」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）」とあるのは「「中小企業近代化促進法第二条」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）附則第二条の規定による廃止前の中小企業近代化促進法（昭和三十八年法律第六十四号。以下「旧中小企業近代化促進法」という。）第二条」と、「平成十一年三月三十一日」とあるのは「中小企業経営革新支援法」と、「「中小企業近代化促進法」」とあるのは「「旧中小企業近代化促進法」と、「中小企業近代化促進法第四条第一項」とあるのは「旧中小企業近代化促進法第四条第一項」」とする。
１４ 施行日から平成十三年十二月三十一日までの間に沖縄振興開発特別措置法第二十条第一項に規定する構造改善計画につき同項又は同条第二項の承認を受ける同条第一項の商工組合等の構成員である法人の有する旧租税特別措置法第四十六条第一項第一号に定める減価償却資産については、同条の規定（同号に係る部分に限る。）は、なおその効力を有する。
１５ 第十二項の規定の適用がある場合における租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第七号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第五十二条の二及び第五十二条の三の規定の適用については、同法第五十二条の二第一項中「又は第四十四条の九から第四十八条まで」とあるのは、「若しくは第四十四条の九から第四十八条まで又は租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十六条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第四十六条」とする。
１６ 旧租税特別措置法第四十六条第一項第二号に規定する構造改善事業計画又は構造改善円滑化計画につき同号の承認を受けた同号の特定組合又は特定商工組合等の構成員である法人が平成十一年六月三十日以前に終了する事業年度において有する同号に定める減価償却資産については、なお従前の例による。
１７ 新租税特別措置法第四十七条第三項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする同項に規定する特定再開発建築物等について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第四十七条第三項に規定する特定再開発建築物等については、なお従前の例による。
１８ 新租税特別措置法第五十条第一項の規定は、法人が施行日以後に同項に規定する植林費を支出する場合について適用し、法人が施行日前に旧租税特別措置法第五十条第一項に規定する植林費を支出した場合については、なお従前の例による。
１９ 新租税特別措置法第五十二条第一項第二号の規定は、法人が中小企業経営革新支援法の施行の日以後に支出する同号に定める負担金について適用し、法人が同日前に支出した旧租税特別措置法第五十二条第一項第二号、第三号又は第八号に定める負担金については、なお従前の例による。
（法人の準備金に関する経過措置）
第二十七条 新租税特別措置法第五十五条の規定は、法人が施行日以後に取得する同条第一項に規定する特定株式等について適用し、法人が施行日前に取得した旧租税特別措置法第五十五条第一項に規定する特定株式等については、なお従前の例による。
２ 沖縄振興開発特別措置法第十六条第四項に規定する内国法人が施行日から平成十四年三月三十一日までの間に取得する同項に規定する株式又は出資については、旧租税特別措置法第五十五条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第八項中「大蔵省令」とあるのは、「財務省令」とする。
３ 旧租税特別措置法第五十五条の六第一項に規定する法人で施行日前に開始した事業年度において同項の規定により積み立てた海洋油田・ガス田廃鉱準備金の金額を有するものの施行日以後に開始する事業年度の所得の金額の計算については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「平成十二年三月三十一日」とあるのは「平成十七年三月三十一日」と、同条第七項中「第五十五条の六第一項」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十七条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第五十五条の六第一項」と、同条第八項中「平成十二年三月三十一日」とあるのは「平成十七年三月三十一日」とする。
４ 新租税特別措置法第五十六条の二第一項に規定する大規模な事業者として財務省令で定める法人が施行日前に開始した事業年度において旧租税特別措置法第五十六条の二第一項の規定により積み立てたガス熱量変更準備金の金額の益金の額への算入については、なお従前の例による。
５ 新租税特別措置法第五十六条の三第一項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。この場合において、法人の施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度における同項の規定の適用については、同項中「十三万円」とあるのは、「十五万円」とする。
６ 旧租税特別措置法第五十七条の二第一項に規定する法人が施行日前に開始した事業年度において同項の規定により積み立てた渇水準備金の金額及び施行日から平成十四年三月三十一日までの間に開始する各事業年度において積み立てる渇水準備金の金額については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第二条第一項第七号」とあるのは「第二条第一項第九号」と、「いずれか低い金額」とあるのは「いずれか低い金額（平成十一年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に開始する事業年度については当該いずれか低い金額の百分の七十五に相当する金額とし、同年四月一日から平成十三年三月三十一日までの間に開始する事業年度については当該いずれか低い金額の百分の五十に相当する金額とし、同年四月一日から平成十四年三月三十一日までの間に開始する事業年度については当該いずれか低い金額の百分の二十五に相当する金額とする。）」と、同条第八項中「第五十七条の二第一項」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十七条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第五十七条の二第一項」とする。
（法人の技術等海外取引に係る所得の特別控除に関する経過措置）
第二十八条 新租税特別措置法第五十八条の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。この場合において、法人の施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度における同条第一項の規定の適用については、同項中「総収入金額のうちに」とあるのは「総収入金額のうちに租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法第五十八条第一項に規定する技術等海外取引又は」と、「当該収入金額の百分の十二」とあるのは「当該事業年度開始の日から平成十一年三月三十一日までの期間内の同条第二項各号に掲げる取引による収入金額の百分の六（同項第二号に掲げる取引によるものについては、百分の十二）に相当する金額と同年四月一日から当該事業年度終了の日までの期間内の技術等海外取引による収入金額の百分の十二」と、「金額（当該金額」とあるのは「金額との合計額（当該合計額」とする。
（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第二十九条 新租税特別措置法第六十五条の四第一項第三号の規定は、法人が平成十一年一月一日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２ 新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十八号の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
３ 旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二十号の上欄のイ又は同表の第二十一号の上欄のイ若しくはハに掲げる法人が施行日前に行った同表の第二十号の上欄又は同表の第二十一号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
４ 旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二十号の上欄のイに掲げる法人が施行日から同欄のイの承認を受けた日以後三年を経過する日までの間に行う同欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、同条から第六十五条の九まで（同欄のイに係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同欄のイ中「平成十一年三月三十一日まで」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）の施行の日の前日まで」と、旧租税特別措置法第六十五条の七第五項及び第六項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、同条第七項中「第四十二条の四第二項から第四項まで、第四十二条の九及び第四十二条の十の規定並びに第四十二条の五から第四十二条の八まで、第四十二条の十二から第四十五条の二まで及び第四十六条の三から第五十条まで並びにこれらの規定に係る第五十二条の三第一項の規定」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第五十三条第一項各号に掲げる規定（同法第四十六条及び第四十六条の二第一項並びにこれらの規定に係る同法第五十二条の三の規定を除く。）」と、旧租税特別措置法第六十五条の八第七項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」とする。
５ 中小企業経営革新支援法の施行の日以後における前項の規定の適用については、同項中「前日まで」と」とあるのは、「前日まで」と、「特定中小企業者の新分野進出等による経済の構造的変化への適応の円滑化に関する臨時措置法」とあるのは「同法附則第二条の規定による廃止前の特定中小企業者の新分野進出等による経済の構造的変化への適応の円滑化に関する臨時措置法（平成五年法律第九十三号）」と」とする。
６ 第四項の規定の適用がある場合における新租税特別措置法第六十二条の三、第六十五条の三から第六十五条の五まで及び第六十五条の十の規定の適用については、新租税特別措置法第六十二条の三第九項中「又は第六十四条」とあるのは「、第六十四条」と、「第六十六条の規定」とあるのは「第六十六条の規定又は租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十九条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「平成十一年旧法」という。）第六十五条の七から第六十五条の九までの規定」と、「又は第六十五条の十四第四項の規定」とあるのは「若しくは第六十五条の十四第四項の規定又は平成十一年旧法第六十五条の七第四項（平成十一年旧法第六十五条の八第六項において準用する場合を含む。）若しくは第六十五条の八第三項若しくは第四項の規定」と、新租税特別措置法第六十五条の三第一項、第六十五条の四第一項及び第六十五条の五第一項中「第六十五条の九まで」とあるのは「第六十五条の九まで若しくは平成十一年旧法第六十五条の七から第六十五条の九まで」と、新租税特別措置法第六十五条の十第一項各号中「又は前三条」とあるのは「若しくは前三条又は平成十一年旧法第六十五条の七から第六十五条の九まで」とする。
７ 新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二十三号の規定は、法人が施行日以後に行う同号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二十三号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
８ 新租税特別措置法第六十五条の十一第一項の規定は、法人が平成十一年一月一日以後に行う同項に規定する土地等の交換又は譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の十一第一項に規定する土地等の交換又は譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
（鉱工業技術研究組合等の所得計算の特例に関する経過措置）
第三十条 新租税特別措置法第六十六条の十第一項第二号の規定は、同号に掲げる組合等又は特定組合等が中小企業経営革新支援法の施行の日以後に取得又は製作をする同号に定める固定資産について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の十第一項第二号に掲げる商工組合等、同項第三号に掲げる特定組合若しくは特定商工組合等又は同項第八号に掲げる組合等が同日前に取得又は製作をしたこれらの規定に定める固定資産については、なお従前の例による。
（欠損金の繰越期間の特例に関する経過措置）
第三十一条 新租税特別措置法第六十六条の十二第一項の規定は、法人が施行日以後に行う設備の廃棄に係る同項の設備廃棄による欠損金額について適用し、法人が施行日前に行った設備の廃棄に係る旧租税特別措置法第六十六条の十二第一項に規定する設備廃棄による欠損金額については、なお従前の例による。
（欠損金の繰戻しによる還付の不適用に関する経過措置）
第三十二条 新租税特別措置法第六十六条の十四（同条第一号に係る部分に限る。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度において生じた同条に規定する欠損金額について適用する。
２ 法人の中小企業経営革新支援法の施行の日前に終了する事業年度において生じた旧租税特別措置法第六十六条の十四に規定する欠損金額については、なお従前の例による。
（株式交換又は株式移転に係る課税の特例に関する経過措置）
第三十三条 新租税特別措置法第六十七条の九の二から第六十七条の九の四までの規定は、法人が商法等の一部を改正する法律（平成十一年法律第百二十五号）の施行の日以後に行うこれらの規定に規定する移転又は譲渡に係る法人税について適用する。
（銀行持株会社の創設等に係る課税の特例に関する経過措置）
第三十四条 新租税特別措置法第六十七条の十二第一項の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十七条の十二第一項に規定する譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
（一括登録国債の利子等の非課税に関する経過措置）
第三十五条 新租税特別措置法第六十八条第一項の規定は、外国法人が支払を受ける同項に規定する利子でその計算期間の初日が平成十一年九月一日以後であるものについて適用する。
２ 外国法人が施行日前に発行された旧租税特別措置法第六十八条第二項に規定する割引債について支払を受ける同項に規定する償還差益については、なお従前の例による。
（相続税及び贈与税の特例に関する経過措置）
第三十六条 新租税特別措置法第六十九条の三の規定は、平成十一年一月一日以後に相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この項において同じ。）により取得した同条第一項に規定する小規模宅地等に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した旧租税特別措置法第六十九条の三第一項に規定する小規模宅地等に係る相続税については、なお従前の例による。
２ 新租税特別措置法第七十条の三第一項の規定は、平成十一年一月一日以後に贈与（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。以下この項において同じ。）により取得した財産に係る贈与税について適用し、同日前に贈与により取得した財産に係る贈与税については、なお従前の例による。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
第三十七条 新租税特別措置法第七十七条の規定は、平成十二年一月一日以後に行われる同条に規定する贈与により取得する同条に規定する農地若しくは採草放牧地若しくは準農地の所有権又は当該農地若しくは採草放牧地の上に存する地上権、永小作権若しくは賃借権の移転又は設定の登記に係る登録免許税について適用し、同日前に行われた旧租税特別措置法第七十七条に規定する贈与により取得した同条に規定する農地若しくは採草放牧地若しくは準農地の所有権又は当該農地若しくは採草放牧地の上に存する地上権、永小作権若しくは賃借権の移転又は設定の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
２ 旧租税特別措置法第七十七条の三の表の第三号の上欄に規定する農業を営む者が平成十三年三月三十一日までに同欄に規定する農林地所有権移転等促進事業により同欄に規定する土地を取得し、当該農業を営む者の農業の用に供した場合における当該土地の所有権の移転の登記については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「平成十一年三月三十一日」とあるのは「平成十三年三月三十一日」と、「大蔵省令」とあるのは「財務省令」とする。
３ 施行日前に新造された旧租税特別措置法第七十九条第三項に規定する国際船舶についての同項に規定する所有権の保存の登記及び同条第四項に規定する抵当権の設定の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
４ 新租税特別措置法第八十条第一項の規定は、施行日以後にされる同項に規定する承認（同項に規定する事業革新法の規定による承認に限る。）に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、施行日前にされた旧租税特別措置法第八十条第一項に規定する承認（特定事業者の事業革新の円滑化に関する臨時措置法（平成七年法律第六十一号）の規定による承認に限る。）に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
５ 新租税特別措置法第八十三条の七の規定は、施行日以後に同条に規定する特定目的会社が同条に規定する指名金銭債権を取得する場合の質権又は抵当権の移転の登記に係る登録免許税について適用する。
６ 新租税特別措置法第八十四条の四の規定は、施行日以後に受ける同条に規定する不動産の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に受けた旧租税特別措置法第八十四条の四に規定する不動産の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
（たばこ税の特例に関する経過措置）
第三十八条 平成十一年五月一日前に課した、又は課すべきであったたばこ税については、なお従前の例による。
２ たばこ税法（昭和五十九年法律第七十二号）第十一条第二項に規定する特定販売業者又は同法第二十七条第二項に規定する卸売販売業者が平成十一年五月一日前に保税地域から引き取られた製造たばこを同年四月一日から同月三十日までの間に政令で定めるところにより国税庁長官の承認を受けた場所に移入した場合には、当該製造たばこについては、当該特定販売業者又は卸売販売業者を当該製造たばこの製造たばこ製造者とみなし、当該承認を受けた場所を当該製造たばこの製造場とみなし、当該移入を当該製造たばこの製造場への戻入れとみなして、同法及び一般会計における債務の承継等に伴い必要な財源の確保に係る特別措置に関する法律（平成十年法律第百三十七号）の規定を適用する。
３ 前項の承認の申請があった場合において、当該申請に係る場所につきたばこ税及びたばこ特別税の保全上不適当と認められる事情があるときには、国税庁長官は、その承認を与えないことができる。
４ 平成十一年五月一日前にした行為及び第一項の規定によりなお従前の例によることとされるたばこ税に係る同日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（沖縄路線航空機に積み込まれる航空機燃料に係る航空機燃料税の特例に関する経過措置）
第三十九条 平成十一年七月一日（以下この条において「指定日」という。）前に課した、又は課すべきであった航空機燃料税については、なお従前の例による。
２ 指定日以後最初に航行する時において新租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する沖縄路線航空機である航空機に旧租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、新租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に対する航空機燃料税法（昭和四十七年法律第七号）の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
３ 指定日以後最初に航行する時において新租税特別措置法第九十条の八第二項に規定する一般国内航空機である航空機に旧租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、航空機燃料税法第十一条に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に対する同法の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
４ 指定日以後最初に航行する時において新租税特別措置法第九十条の九第一項に規定する特定離島路線航空機である航空機に旧租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、新租税特別措置法第九十条の九第一項に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に対する航空機燃料税法の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
５ 指定日前にした行為及び第一項の規定によりなお従前の例によることとされる航空機燃料税に係る指定日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（特定離島路線航空機に積み込まれる航空機燃料に係る航空機燃料税の特例に関する経過措置）
第四十条 施行日前に課した、又は課すべきであった航空機燃料税については、なお従前の例による。
２ 施行日以後最初に航行する時において新租税特別措置法第九十条の九第一項に規定する特定離島路線航空機である航空機に航空機燃料税法第十一条に規定する税率又は旧租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、新租税特別措置法第九十条の九第一項に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に対する航空機燃料税法の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
３ 施行日前にした行為及び第一項の規定によりなお従前の例によることとされる航空機燃料税に係る施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（利子税等の割合の特例に関する経過措置）
第四十一条 新租税特別措置法第七章の規定は、新租税特別措置法第九十六条に規定する利子税等のうち平成十二年一月一日以後の期間に対応するものについて適用し、当該利子税等のうち同日前の期間に対応するものについては、なお従前の例による。
２ 税務署長は、平成十二年一月一日前に相続税法（昭和二十五年法律第七十三号）第三十八条第一項又は第四十三条第五項の規定による延納の許可をした相続税額（租税特別措置法の一部を改正する法律（平成五年法律第十号。以下この項において「平成五年改正法」という。）附則第十八条第二項、租税特別措置法の一部を改正する法律（平成三年法律第十六号。以下この項において「平成三年改正法」という。）附則第十九条第十八項又は所得税法等の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第百九号。以下この項において「昭和六十三年改正法」という。）附則第七十六条第三項の規定の適用を受けているものに限る。）に係る利子税のうち同日以後の期間に対応するものについては、平成五年改正法附則第十八条第二項、平成三年改正法附則第十九条第十八項及び昭和六十三年改正法附則第七十六条第三項の規定にかかわらず、新租税特別措置法第九十三条第二項の規定に準じて計算するものとする。
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