前項の規定による還付金について還付加算金（国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）に規定する還付加算金をいう。以下この章において同じ。）を計算する場合には、その計算の基礎となる同項の期間は、当該還付に係る申告書が次の各号に掲げる申告書のいずれに該当するかに応じ、当該各号に定める期限又は日の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当（同法第五十七条第一項（充当）の規定による充当をいう。以下この章において同じ。）をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。

第一項の規定による還付金を同項に規定する申告書に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。

前二項に定めるもののほか、第一項の還付の手続、同項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。